Все прекрасно создается при ручном открытии аккаунта непосредственно в панели ISPManager, а также четком выборе IP адреса (то есть выбор пункта "не назначать WWW-домену" приведет к подобной ошибке).
При создании аккаунта с помощью BPanel домен добавляется в раздел "Доменные имена", но не попадает в разделы "WWW-домены" и "Почтовые домены".
Думаю, проблема в том, что в ISPManager опять что-то намутили с API, так как летом я не видел пункта "не назначать WWW-домену", всегда нужно было четко выбирать IP.
Все-таки весьма неприятно, когда клиенту уходит в письме, что он может заливать файлы в public_html, а на деле из-за несоздания WWW-домена, никакой public_html и не создается.