Может потому что второй сайт расположен на субдомене первого? Кстати, недавно где-то прочитал, что поисковики могут взять и "склеить" два таких сайта, не знаю только насколько это правда, и как поисковик может узнать что второй сайт является субдоменом первого, если нигде нет ссылок на второй сайт в качестве субдомена или папки первого сайта.