Т.к. в яндекс.деньгах комиссия берется не с верх получаемой суммы, а из получаемой суммы, то расчет "стоимость-услуг+0,5%" неправильный.
Это можно увидеть если платить с биллинга например сумму 524.56 р. Биллинг просто сверху добавляет 0,5% и подает в яндекс сумму 527,18.
Когда это число дойдет на сайт яндекса, то он уменьшит сумму (527,18) на 0,5% и вы получите не то, на что рассчитывали - в кошелек придет 524,54 рублей - ошибка получается на 2 копейки.
Такой формулой можно дать яндексу правильную "сумму с учетом комиссии 0,5%"
приведу ее готовую для вставки в php-код
$summa_s_komissiey = round(($summa_stoimosti_uslug/((1-0.005)*100)*100),2);
Теперь яндексу передадутся 2 правильные суммы:
524,56 - стоимость услуг
527,20 - с учетом комиссии 0,5%
и после оплаты в кошелек поступит именно 524,56 рублей.