Точно такая же проблема, сделал как у товарища phantom и не получилось избавиться от знаков вопроса.
По-умолчанию в скрипте Sypex Dumper Lite стоит кодировка базы данных cp1251, но после back up в сохранненом файле sql стоит latin1 и куча знаков вопросов вместо кирилицы. Сделал в файле бекапа автозамену с latin1 на cp1251, но знаки вопросов всеравно остались.
Может кто-то подскажет чем делать нормальный бекап с кодировкой cp1251.